CodonCode Aligner

Beschreibung

CodonCode Aligner ist eine benutzerfreundliche Software für DNA-Sequenzzusammenstellung, Alignment, Contig-Bearbeitung und Mutationserkennung. Aligner ist mit Phred-Phrap kompatibel und unterstützt Scores für die Sequenzqualität vollständig, während es eine vertraute, leicht zu erlernende Benutzeroberfläche bietet. Zu den Funktionen gehören das Importieren von Sequenzen aus Textdateien, das Ausrichten von Contigs aneinander unter Beibehaltung der Verknüpfungen zu den Spuren, das Finden heterozygoter Mutationen, das Definieren von interessierenden Regionen ("Features"), das Importieren und Bearbeiten von Phrap-generierten Assemblies, das Exportieren von Sequenzen und Features, das Importieren von Sequenzen aus ABI- und SCF-Dateien, Vektortrimmung, Ausrichtung an einer Referenzsequenz, Analyse heterozygoter Einfügungen und Löschungen, Navigation zwischen benutzerdefinierten Merkmalen und Export von Consed-kompatiblen Montageprojekten.