compsortall for Mac

Beschreibung

Befehlszeilentool zum Vergleichen von kommagetrennten Datendateien unter Verwendung relativer Unterschiede, um die ähnlichsten Konformationen zu ermitteln. Compsortall vergleicht die Datendateien anhand der relativen Differenz, berechnet einen Ähnlichkeitswert, sortiert die Werte in aufsteigender Reihenfolge aus dem Kern heraus (niedrigere Werte stehen für größere Ähnlichkeit) und speichert alle Werte in einer Textdatei. Die vom Benutzer erstellten Datendateien müssen kommaseparierte Textdateien sein. Jede Datei repräsentiert ein einzigartiges Molekül. Jede Zeile in einer Datei repräsentiert eine einzigartige Konformation des Moleküls. Die erste Spalte in der Datendatei muss ein Etikett sein, das für die durch die Zeile dargestellte Konformation eindeutig ist. Der Rest der Spalten sind numerische Deskriptoren, wie z. B. Entfernungsraummessungen. Die Zeilen werden kombinatorisch zwischen Dateien verglichen. Die Labels im Vergleich werden verkettet und mit den Bewertungen für den Zeilensatz gespeichert. Dies stellt eine Möglichkeit bereit, die Konformationen zu identifizieren, die einen gegebenen Ähnlichkeitswert erzeugt haben.

Zukünftige Arbeiten umfassen:

GUI-Schnittstelle hinzufügen

Beitrag zu meinem 3D-Pharmakophor-Modellierungsalgorithmus

Eine parallele Version mit MPI