QuasiRecomb

Beschreibung

QuasiRecomb ist eine leichtgewichtige Anwendung, die in der Befehlskonsole ausgeführt wird und ein Markov-Modell zur Generierung viraler Quasispezies simuliert. Es beschreibt die Generierung der viralen Quasi-Spezies und ein Verfahren zur Ableitung ihrer Parameter durch Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. Das Modell wird anhand simulierter Daten validiert, was den Vorteil der expliziten Berücksichtigung des Rekombinationsprozesses zeigt, und durch Anwendung auf Messwerte aus experimentellen HIV-Proben getestet. Es bietet eine Implementierung des EM-Algorithmus, um maximale A-posteriori-Schätzungen der Modellparameter zu finden, und eine Methode, um die Verteilung von Virusstämmen in der Quasi-Spezies abzuschätzen.