GenoSuite

Beschreibung

GenoSuite ist ein Framework, das für die proteogenomische Analyse entwickelt wurde. Die auf FDRScore basierende Strategie wird verwendet, um Ergebnisse aus mehreren Suchalgorithmen zu integrieren. Das Prokaryotische Proteogenomische Tool (PPT) wird als Teil des GenoSuite-Frameworks entwickelt. PPT dient zum Auffinden neuer Übersetzungen in prokaryotischen Genomen und ist abhängig von Massenspektrometrie-basierten Proteomikdaten und verwandten Genomsequenzen. Zu den Funktionen gehören die Konfiguration für 4 Open-Source-Algorithmen zur Durchführung einer Datenbanksuche zur Peptididentifizierung und jede Kombination der 4 Algorithmen, die ausgewählt werden kann, die Auflistung der für die Genomsuche spezifischen Peptide (neuartige Peptide), die spektralen Übereinstimmungen können für die Qualitätsbewertung visualisiert werden, Listen aus die neuen Proteine ​​und Änderungen in den bestehenden Proteinanmerkungen und ein visueller genomischer Kontext der neuen Peptide können ebenfalls erzeugt werden.