MultiGeneBlast

Beschreibung

MultiGeneBlast ist ein Open-Source-Tool, das auf einer Neuformatierung der FASTA-Header von NCBI-GenBank-Proteineinträgen basiert, mit denen es ihre Quellnukleotide und -koordinaten aufspüren kann. MultiGeneBlast kann bei der Erkennung solcher Multigen-Teile für Projekte der synthetischen Biologie helfen. Eine synthetische Bibliothek von Operonen kann basierend auf ihrer Ausgabe erstellt werden, um diejenigen Operons zu identifizieren, deren Funktion der vom Benutzer gewünschten am nächsten kommt. Dieses Tool bietet die Möglichkeit, alle homologen genomischen Regionen zu identifizieren, indem es die Ergebnisse einzelner BlastP-Läufe für jedes Gen kombiniert und genomische Regionen aus jedem GenBank-Eintrag nach der Anzahl der Treffer, der Syntenieerhaltung und dem kumulativen Blast-Bit-Score sortiert. Architektursuchen können durchgeführt werden, um alle genomischen Regionen mit Blast-Treffern zu jeder benutzerdefinierten Kombination von Aminosäuresequenzen zu finden.