RightField

Beschreibung

RightField kann für jedes Annotationsfeld eine Reihe zulässiger Begriffe aus einer ausgewählten Ontologie (Unterklassen, Individuen oder Kombinationen) angeben. Die resultierende Tabelle präsentiert diese Begriffe den Benutzern als einfache Dropdown-Liste. Dies verringert die Akzeptanzbarriere für die Verwendung von Community-Ontologien, da die Annotation von dem Wissenschaftler vorgenommen wird, der die Daten generiert hat, und nicht von einem Dritten, und die Annotation zum Zeitpunkt der Datenerfassung erfasst wird.

RightField ist eine eigenständige Java-Anwendung, die Apache-POI für die Interaktion mit Microsoft-Dokumenten verwendet. Es ermöglicht Benutzern, Excel-Tabellen zu importieren oder neue von Grund auf neu zu erstellen. Ontologien können entweder aus ihren lokalen Dateisystemen oder aus dem Ontologie-Repository von BioPortal importiert werden. Einzelne Zellen oder ganze Spalten oder Zeilen können mit den erforderlichen Bereichen von Ontologiebegriffen markiert werden, und eine einzelne Tabelle kann mit Begriffen aus mehreren Ontologien kommentiert werden.

Nach dem Markieren und Speichern enthält das RightField-fähige Arbeitsblatt „versteckte“ Blätter mit Informationen zu den Ursprüngen und Versionen der in der Annotation verwendeten Ontologien. Diese Herkunftsinformationen sind im Falle zukünftiger Ontologieänderungen wichtig, die möglicherweise bereits ausgewählte Werte verwerfen oder feinkörnigere Optionen hinzufügen und eine erneute Annotation veranlassen. RightField ist als Administrator-Tool gedacht. Es erweitert Tabellenkalkulationen, die möglicherweise bereits bestimmten Vorlagen entsprechen, um die Terminologie weiter zu standardisieren.