FlexS

Beschreibung

FlexS sagt die Konformation und Orientierung eines der Liganden relativ zum anderen voraus. In FlexS wird angenommen, dass der Referenzligand starr ist, daher sollte er in einer Konformation angegeben werden, die dem gebundenen Zustand ähnlich ist. Der Überlagerungsalgorithmus in FlexS erfordert nur geringe manuelle Eingriffe. Dieses Wissen können Sie in die Berechnungen mit FlexS integrieren, indem Sie einzelne Schritte manuell ausführen. Somit ist FlexS sowohl für die interaktive Arbeit an Ligandenpaaren als auch für das Liganden-basierte virtuelle Screening konzipiert. Die beiden Hauptanwendungen von FlexS sind Liganden-Superpositionierung (z. B. für CoMFA/QSAR) und virtuelles Screening. Wenn Sie ein Protein und ein daran bindendes kleines Molekül (sogenannter Referenzligand), aber keine Struktur des Proteins haben, können Sie die Referenzstruktur als negativen Fingerabdruck des aktiven Zentrums nehmen. FlexS ermittelt die Ähnlichkeit zwischen Test- und Referenzstruktur durch Abgleich. Beim virtuellen Screening haben Sie einen Referenzliganden und eine Reihe von Verbindungen und möchten die Verbindungen für experimentelle Tests priorisieren.