Malign

Beschreibung

Die in MALIGN implementierten multiplen Ausrichtungsverfahren sind enge Parallelen zu denen, die zur Suche nach Kladogrammen minimaler Länge verwendet werden. Die Logik und die Programmbefehle werden denen klar sein, die mit Programmen wie Hennig86, NONA und PAUP vertraut sind. Alignment-Topologien werden über verschiedene Sequenzen aufgebaut und durch Branch-Swapping verbessert. Jede Ausrichtungstopologie ergibt eine mehrfache Ausrichtung und Kladogramme werden aus dieser Ausrichtung konstruiert. Die Kosten des sparsamsten Kladogramms werden dann als Mehrfachausrichtungskosten zugewiesen.